在蛋白质组学研究中，质谱技术已成为解析生命系统复杂性的重要工具。特别是Shotgun Proteomics（发现型蛋白质组学）与Targeted Proteomics（靶向蛋白质组学）两种主流策略，其技术原理、应用场景和数据特性各异，直接影响实验设计与结果解读。本文将系统比较这两类方法，帮助科研人员在不同研究阶段作出合理选择。

一、Shotgun Proteomics：系统性探索的优选策略

Shotgun Proteomics是一种自下而上的全谱扫描方法。实验流程包括蛋白质酶解、肽段分离（LC）、质谱采集（MS/MS）与数据库搜索鉴定。该策略可在单次实验中检测成百上千种蛋白，适用于未知机制探索、生物标志物筛选和复杂样本比较等场景。

※ 其主要特点包括：

• 通量高：可覆盖大多数可检测蛋白；
• 依赖数据库：鉴定效率与数据库质量密切相关；
• 相对定量：常用Label-free或TMT/iTRAQ等方法进行相对表达量分析；
• 数据复杂：对质谱平台和生信分析要求较高。

尽管灵敏度和重现性不及靶向方法，但在发现阶段具备不可替代的广谱性与信息量优势。

二、Targeted Proteomics：验证与定量的精确利器

Targeted Proteomics是一种聚焦特定蛋白/肽段的精准定量策略，常见模式包括SRM/MRM、PRM等。研究者在实验前确定目标肽段，通过定向监测实现高灵敏度、高特异性的检测，特别适合候选靶点验证、临床样本定量及方法开发等需求。

※ 其核心优势：

• 定量准确：与内标联合使用时可实现绝对定量；
• 重现性强：跨批次实验间一致性高；
• 检测限低：适合低丰度蛋白的精准测定；
• 流程标准化：利于方法在不同平台间迁移。

Targeted方法对前期方法开发依赖较大，需明确目标蛋白序列、肽段特征及离子转itions，但一旦建立，可广泛应用于高通量临床转化研究。

三、核心技术对比

四、策略选择：依据研究目的与资源条件

※ 初步探索与机制构建：优先选择Shotgun

当研究目标尚不明确，需在组织、细胞或体液等样本中全局筛查差异蛋白或构建调控网络时，Shotgun Proteomics能提供最大信息覆盖。其不依赖先验知识的特性，使其成为新型生物标志物发现和机制假设生成的首选技术。

※ 靶点验证与定量研究：推荐使用Targeted

若已明确候选蛋白，需在多组样本中精确定量其表达水平，或评估其生物学稳定性与诊断潜力，Targeted Proteomics更具优势。特别在生物医学转化研究中，靶向方法提供的高一致性和绝对定量能力可满足临床验证的严格需求。

※ 综合使用：探索与验证的有效结合

在系统生物学研究中，常采用Shotgun初筛+Targeted验证的联合策略。前者完成差异蛋白鉴定与通路分析，后者针对重点靶点开展定量验证，实现从发现到验证的闭环证据链。

五、实践建议：从需求出发优化设计

• 样本类型复杂且目标不明：优先采用Shotgun进行全谱分析；
• 研究周期有限但靶点明确：可跳过全谱直接开展靶向定量；
• 资源允许且研究深入：建议整合两种策略，提升研究深度与可靠性。

Shotgun与Targeted Proteomics各有优势，适用于不同研究阶段与科研目标。理解两者原理及应用差异，是精准开展蛋白质组学研究的前提。在实验设计中合理整合这两种策略，能显著提升数据解释力与研究影响力。在蛋白质组学服务中，百泰派克生物科技提供包括DIA、TMT、PRM在内的多种技术平台，结合自动化样本前处理与高分辨率质谱设备，实现从“广泛发现”到“精准验证”的一体化服务流程。我们通过标准化流程与定制化分析，协助客户在基础研究与临床转化间高效桥接。如需获取个性化方案建议或合作咨询，欢迎联系我们。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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